郑州大学第五附属医院消化内镜中心属国家消化道早癌防治中心联盟，是中国医师协会基本消化内镜医师培训基地，同时是国家重点专科项目建设科室。与诺贝尔奖得主巴里马歇尔院士精诚合作，以国家二级教授、河南省消化病学主任委员郑鹏远院长为首席专家，正副高以上专家20余人进行内镜诊疗。消化内镜中心以河南省幽门螺杆菌中心实验室、河南省营养微生态基地实验室、河南省幽门螺杆菌精查实验室等科教实验中心为依托，针对顽固性幽门螺杆菌感染，开展内镜下钳取胃粘膜组织行幽门螺旋杆菌培养与药敏实验，郑州大学第五附属医院是中部地区较早开展幽门螺杆菌药敏实验的医院。 目前常规开展国际先进的内镜下诊疗技术：①消化道癌前病变及早癌筛查：放大内镜+染色内镜；②消化道早癌、肿瘤内镜下切除治疗（EMR/ESD/ EFR）；③内镜下隧道治疗技术：贲门括约肌切除术（POEM），经内镜粘膜下隧道肿瘤切除术（STER）；④超声内镜及超声内镜引导下穿刺引流术（EUS/ EUS-FNA）；⑤胆胰管相关十二指肠镜下诊疗：内窥镜逆行性胆胰管造影术（ERCP），包括：十二指肠乳头括约肌切开术、胆管胰管结石碎石取石术、胆管胰管狭窄扩张术、胆管胰管支架置入术、鼻胆管鼻胰管引流术等；⑥食管-胃底曲张静脉诊疗：组织胶、硬化剂注射及套扎治疗；⑦小肠疾病诊断：胶囊内镜及电子小肠镜。